Bán hàng cho doanh nghiệp chế xuất: khi nào được thuế GTGT 0%

Một công ty ở khu công nghiệp Phú Mỹ bán vật tư cho doanh nghiệp chế xuất kế bên, đồng thời cho doanh nghiệp đó thuê một phần kho. Kế toán xuất cả hai hóa đơn thuế suất 0% vì "khách là doanh nghiệp chế xuất". Phần vật tư thì đúng, phần cho thuê kho thì sai — và khoản thuế bị truy thu là của người bán, không phải của người mua. Bài này tách rõ: khi nào bán cho doanh nghiệp chế xuất được áp thuế giá trị gia tăng (GTGT) 0%, khi nào không, và cần giữ những giấy tờ gì.

Tóm tắt nhanh

• Doanh nghiệp chế xuất được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan, nhưng chỉ kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh hoặc Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất (khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP).
• Với giao dịch bán, cung cấp cho tổ chức trong khu phi thuế quan, thuế suất 0% chỉ áp dụng khi hàng hóa, dịch vụ được tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu, không phục vụ cho hoạt động khác (khoản 5 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP).
• Bên mua phải là tổ chức trong khu phi thuế quan — Nghị định ghi rõ "tổ chức trong khu phi thuế quan là tổ chức có đăng ký kinh doanh".
• Một số khoản bị loại khỏi thuế suất 0% dù khách là doanh nghiệp chế xuất: cho thuê nhà, hội trường, văn phòng, khách sạn, kho bãi; vận chuyển đưa đón người lao động; xăng, dầu; xe ô tô.
• Điều kiện hồ sơ của thuế suất 0% nằm ở Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Hồ sơ không nộp kèm tờ khai nhưng phải xuất trình khi cơ quan quản lý nhà nước yêu cầu (Điều 4 Thông tư 69/2025/TT-BTC).

Căn cứ đang có hiệu lực

Bài này dựa trên Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15, Luật số 149/2025/QH15 và Luật số 09/2026/QH16 — bản hợp nhất là Văn bản hợp nhất 114/VBHN-VPQH ngày 20/5/2026) và Nghị định 181/2025/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP và Nghị định 144/2026/NĐ-CP — bản hợp nhất là Văn bản hợp nhất 18/VBHN-BTC ngày 04/6/2026). Điều 17 và Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, là hai điều được dẫn nhiều nhất dưới đây, không bị hai nghị định sửa đổi nói trên thay đổi. Để gọn, các đoạn sau viết tắt là "Luật Thuế GTGT" và "Nghị định 181/2025/NĐ-CP".

Vì sao bán cho doanh nghiệp chế xuất lại được coi là xuất khẩu

Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất và phân khu công nghiệp dành cho doanh nghiệp chế xuất được ngăn cách với bên ngoài bằng hệ thống tường rào, có cổng và cửa ra, vào, bảo đảm điều kiện cho sự kiểm tra, giám sát, kiểm soát của cơ quan hải quan và các cơ quan chức năng có liên quan theo quy định áp dụng đối với khu phi thuế quan (khoản 2 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP). Khoản 4 cùng điều quy định quan hệ trao đổi hàng hóa giữa doanh nghiệp chế xuất với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam, không phải là khu phi thuế quan, là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu — trừ các trường hợp quy định tại điểm c khoản này và các trường hợp không phải làm thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan.

Từ đó, khi doanh nghiệp nội địa bán vào doanh nghiệp chế xuất, về thuế GTGT đây là trường hợp "hàng hóa từ nội địa Việt Nam bán cho tổ chức trong khu phi thuế quan và được tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu" tại điểm a khoản 1 Điều 9 Luật Thuế GTGT (điểm này do Điều 4 Luật số 90/2025/QH15 sửa đổi, bổ sung, có hiệu lực từ 01/7/2025). Cục Hải quan cũng dẫn đúng chuỗi căn cứ này khi trả lời một doanh nghiệp tại Công văn 16538/CHQ-NVTHQ ngày 21/5/2026 — công văn này là hướng dẫn cho một doanh nghiệp cụ thể, không phải văn bản quy phạm pháp luật, nên chỉ nên dùng để tham khảo cách hiểu.

Hai điều kiện trong câu luật trên rất dễ bị đọc trượt. Thứ nhất, bên mua phải là tổ chức; Nghị định 181/2025/NĐ-CP định nghĩa tổ chức trong khu phi thuế quan là tổ chức có đăng ký kinh doanh. Thứ hai, hàng phải được tiêu dùng trong khu phi thuế quan và phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu — khoản 5 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP nói thẳng là "không phục vụ cho hoạt động khác không phải hoạt động sản xuất xuất khẩu".

Lưu ý thêm: doanh nghiệp chế xuất chỉ thực sự được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan khi đã được cơ quan hải quan có thẩm quyền xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi chính thức đi vào hoạt động; nếu không được xác nhận thì không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan (khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP). Đây là lý do nên xin bản sao giấy tờ của khách hàng trước khi phát hành hóa đơn 0% đầu tiên.

Điều kiện hồ sơ để được áp thuế suất 0%

Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP đặt điều kiện khác nhau cho hàng hóa và cho dịch vụ. Lưu ý câu dẫn của điều này: hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu áp dụng thuế suất 0% quy định tại Điều 17 "(trừ một số trường hợp đặc thù quy định tại Điều 27, Điều 28 Nghị định này)" phải đáp ứng các điều kiện sau. Đây là chỗ nhiều nơi làm thừa hoặc làm thiếu:

Trường hợp	Giấy tờ bắt buộc theo Điều 18
Bán hàng hóa vào doanh nghiệp chế xuất	Hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu (hoặc hợp đồng ủy thác xuất khẩu nếu ủy thác); chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan theo quy định
Cung cấp dịch vụ cho doanh nghiệp chế xuất	Hợp đồng cung cấp dịch vụ với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Với dịch vụ, Điều 18 không đòi tờ khai hải quan. Với hàng hóa thì đòi, và phải xem cùng pháp luật hải quan: điểm b khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP cho doanh nghiệp chế xuất và người bán hàng được lựa chọn thực hiện hoặc không phải thực hiện thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu với vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng từ nội địa dùng để xây dựng công trình, phục vụ điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của người lao động. Nhưng bỏ tờ khai không đồng nghĩa với được 0%: chính nhóm hàng này khó qua được điều kiện "phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu".

Điều 4 Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định khi cơ quan quản lý nhà nước yêu cầu thì người nộp thuế phải xuất trình hồ sơ, thủ tục bảo đảm đáp ứng điều kiện áp dụng thuế suất 0% tại Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Thông tư không đặt ra việc gửi kèm bộ hồ sơ này theo từng kỳ khai thuế, chỉ yêu cầu xuất trình khi được yêu cầu — nghĩa là hồ sơ thường được soát về sau, khi thanh tra, kiểm tra hoặc khi xét hoàn thuế. Thiếu giấy tờ ở thời điểm đó thì đã muộn.

Những khoản không được 0% dù khách là doanh nghiệp chế xuất

Khoản 4 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP liệt kê các trường hợp không áp dụng thuế suất 0%. Dưới đây là các điểm hay gặp ở khu công nghiệp:

Khoản mục	Căn cứ
Cho thuê nhà, hội trường, văn phòng, khách sạn, kho bãi	Điểm l khoản 4 Điều 17
Dịch vụ vận chuyển đưa đón người lao động	Điểm l khoản 4 Điều 17
Dịch vụ ăn uống (trừ dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp, dịch vụ ăn uống trong khu phi thuế quan)	Điểm l khoản 4 Điều 17
Xăng, dầu mua tại nội địa bán cho cơ sở kinh doanh trong khu phi thuế quan	Điểm i khoản 4 Điều 17; điểm d khoản 1 Điều 9 Luật Thuế GTGT
Xe ô tô bán cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan	Điểm i khoản 4 Điều 17; điểm d khoản 1 Điều 9 Luật Thuế GTGT
Dịch vụ cấp tín dụng (điểm c); chuyển nhượng vốn (điểm d); dịch vụ bưu chính, viễn thông (điểm e)	Các điểm c, d, e khoản 4 Điều 17 và điểm d khoản 1 Điều 9 Luật Thuế GTGT

Ở chiều ngược lại, điểm b khoản 2 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP kể tên một nhóm dịch vụ xuất khẩu gồm "dịch vụ vận chuyển, dịch vụ cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất (dịch vụ nâng hạ container tại cảng, nhà máy, kho hàng; dịch vụ xếp dỡ, bốc xếp tại nhà máy, cảng, sân bay và các chi phí phát sinh có liên quan như: phí chứng từ, phí điện giao hàng, phí niêm chì, phí làm hàng, phí đóng gói)". Đây là nhóm rất phổ biến với doanh nghiệp logistics quanh cảng Cái Mép – Thị Vải.

Khi một khoản không thuộc diện 0%, người bán xuất hóa đơn theo thuế suất bình thường của hàng hóa, dịch vụ đó: 5% nếu thuộc khoản 2 Điều 9 Luật Thuế GTGT, 10% theo khoản 3 Điều 9 với phần còn lại, hoặc 8% nếu khoản đó thuộc nhóm thuế suất 10% đang được giảm 2% đến hết ngày 31/12/2026 theo Nghị quyết 204/2025/QH15 (nghị quyết này loại trừ một số nhóm như viễn thông, hoạt động tài chính, ngân hàng, chứng khoán, bảo hiểm, kinh doanh bất động sản, sản phẩm kim loại, sản phẩm khai khoáng (trừ than), hàng hóa và dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ xăng)).

Ví dụ: một hợp đồng, hai thuế suất

Công ty A ở Phú Mỹ ký với doanh nghiệp chế xuất B trong cùng khu công nghiệp một hợp đồng gồm ba phần: bán 400 triệu đồng vật tư đưa vào dây chuyền sản xuất hàng xuất khẩu của B; cho thuê 60 triệu đồng/tháng diện tích kho; cung cấp 30 triệu đồng dịch vụ bốc xếp tại nhà máy của B.

• Phần vật tư 400 triệu: áp 0% nếu đủ hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và tờ khai hải quan theo quy định.
• Phần cho thuê kho 60 triệu: không áp 0% theo điểm l khoản 4 Điều 17, phải tính theo thuế suất của hoạt động cho thuê. Khoản này là 10% hay 8% còn tùy việc cho thuê kho bãi có thuộc nhóm kinh doanh bất động sản bị loại khỏi diện giảm 2% của Nghị quyết 204/2025/QH15 hay không; chỗ này chưa rõ nếu chỉ đọc nghị quyết, nên cần đối chiếu danh mục ngành của văn bản hướng dẫn hoặc hỏi cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi xuất hóa đơn.
• Phần bốc xếp 30 triệu: thuộc nhóm dịch vụ cho doanh nghiệp chế xuất tại điểm b khoản 2 Điều 17, áp 0% nếu có hợp đồng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Khoản 4 Điều 9 Luật Thuế GTGT buộc cơ sở kinh doanh nhiều loại hàng hóa, dịch vụ có mức thuế suất khác nhau phải khai thuế theo từng mức thuế suất; nếu không xác định được theo từng mức thì phải tính và nộp theo mức thuế suất cao nhất của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở sản xuất, kinh doanh. Vì vậy gộp ba phần trên vào một dòng hóa đơn 0% không chỉ sai thuế suất mà còn đẩy rủi ro lên cả hợp đồng.

Hoàn thuế và khấu trừ: đừng dừng ở thuế suất đầu ra

Bán 0% nghĩa là đầu ra không có thuế nhưng đầu vào vẫn được khấu trừ, nên số dư thuế GTGT đầu vào thường tăng dần. Khoản 1 Điều 15 Luật Thuế GTGT cho cơ sở kinh doanh có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trong tháng, quý được hoàn thuế nếu số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác; số thuế được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá 10% doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu của kỳ hoàn thuế.

Điều kiện hoàn thuế gắn chặt với hồ sơ: theo điểm b khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT, cơ sở kinh doanh phải đáp ứng quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại khoản 2 Điều 14 và không thuộc trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 14 của Luật; chi tiết cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nằm ở Điều 25, Điều 26 và Điều 27 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Cách lập và lưu bộ chứng từ cho giao dịch bán vào khu phi thuế quan nên được xác nhận với cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc đơn vị tư vấn trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế.

Ba việc kế toán nên làm ngay

1. Lưu bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (hoặc Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất) của khách hàng cùng xác nhận của cơ quan hải quan về điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan.
2. Tách dòng hóa đơn theo từng khoản mục, không gộp hàng hóa với cho thuê, ăn uống hay đưa đón nhân viên; ghi trong hợp đồng mục đích tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ sản xuất xuất khẩu và lưu chứng từ giao nhận chứng minh.
3. Thanh toán qua ngân hàng và lưu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho mọi khoản áp 0%, kể cả khoản nhỏ.

Câu hỏi thường gặp

Bán văn phòng phẩm, suất ăn, nước uống cho doanh nghiệp chế xuất có được 0%?

Văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng phục vụ điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của người lao động không phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu, nên không đáp ứng khoản 5 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Riêng dịch vụ ăn uống còn bị nêu tên tại điểm l khoản 4 Điều 17, với ngoại lệ là dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp và dịch vụ ăn uống trong khu phi thuế quan. Cần đọc cho đúng: được đưa ra khỏi danh sách loại trừ ở điểm l không có nghĩa là tự động được 0% — khoản đó vẫn phải đáp ứng khoản 5 Điều 17, tức là tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu.

Khách là doanh nghiệp chế xuất nhưng chưa được hải quan xác nhận thì sao?

Khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP ghi rõ trường hợp doanh nghiệp chế xuất không được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan thì không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan. Khi chưa có xác nhận, người bán không nên tự áp 0%.

Thanh toán bằng tiền mặt một phần nhỏ có ảnh hưởng không?

Có. Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP đặt chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt là điều kiện của chính thuế suất 0%, không kèm ngưỡng giá trị. Phần thanh toán bằng tiền mặt không có chứng từ hợp lệ sẽ không đáp ứng điều kiện.

Thuế suất 0% là ưu đãi có điều kiện, và điều kiện nằm ở bộ hồ sơ và mục đích sử dụng, chứ không chỉ ở danh tính khách hàng. Nếu doanh nghiệp của bạn đang bán hàng hoặc cung cấp dịch vụ cho các doanh nghiệp chế xuất trong khu công nghiệp, hãy rà lại hợp đồng và cách tách dòng hóa đơn trước kỳ quyết toán. MP Consulting nhận hỗ trợ trực tiếp cho doanh nghiệp tại Phú Mỹ và Bà Rịa – Vũng Tàu, và có thể soát lại phần kê khai, báo cáo thuế hằng kỳ cùng bạn.