Doanh nghiệp chế xuất mua hàng nội địa: thủ tục hải quan thế nào

Một nhà cung cấp ở Phú Mỹ giao thép, bàn ghế hoặc thực phẩm cho bếp ăn vào doanh nghiệp chế xuất trong khu công nghiệp cách đó vài cây số. Hàng không ra khỏi Việt Nam, xe chạy mười lăm phút, nhưng về pháp lý đó vẫn có thể là một thương vụ xuất khẩu phải mở tờ khai hải quan. Câu trả lời ngắn: mặc định là phải làm thủ tục hải quan, chỉ một số nhóm hàng và tình huống cụ thể được miễn hoặc được chọn không làm.

Tóm tắt nhanh

• Mua bán giữa doanh nghiệp chế xuất (DNCX) và nội địa là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu — khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP. Nguyên tắc là phải làm thủ tục hải quan.
• Được chọn làm hoặc không làm với vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng mua từ nội địa để xây dựng công trình, phục vụ điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của người lao động (điểm b khoản 4 Điều 26).
• Chọn không làm thì cả hai bên đều không phải làm thủ tục, nhưng DNCX phải lưu chứng từ, sổ kế toán chi tiết nêu rõ mục đích và nguồn hàng hóa (khoản 2 Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC, bản hiện hành).
• Hàng DNCX mua từ nội địa mà đã nộp đầy đủ các loại thuế như doanh nghiệp không hưởng chế độ DNCX thì không phải làm thủ tục (khoản 4 Điều 74), trừ một ngoại lệ nêu ở dưới.
• Khi phải làm thủ tục: người nhập khẩu có 15 ngày kể từ ngày hàng hóa xuất khẩu thông quan hoặc giải phóng hàng; quá 15 ngày kể từ ngày thông quan tờ khai xuất khẩu mà chưa có tờ khai nhập khẩu đối ứng thì tờ khai xuất khẩu bị hủy.
• Bỏ tờ khai và được thuế giá trị gia tăng 0% là hai câu hỏi khác nhau: hồ sơ áp 0% với hàng hóa xuất khẩu đòi phải có tờ khai hải quan.

Căn cứ của bài này

• Khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế (bản đọc: Văn bản hợp nhất 9716/VBHN-BKHĐT ngày 26/11/2024, hợp nhất Nghị định 35/2022/NĐ-CP với Nghị định 70/2023/NĐ-CP — không phải bản phản ánh trạng thái mới nhất của toàn nghị định, nhưng các văn bản sửa đổi sau đó không chạm tới Điều 26).
• Điều 74 và Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC, áp dụng theo bản sửa đổi tại khoản 45 và khoản 46 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025, có hiệu lực từ 01/02/2026 (khoản 1 Điều 3 Thông tư này), thay bản trước đó tại khoản 50, khoản 51 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.
• Công văn 16538/CHQ-NVTHQ ngày 21/5/2026 và Công văn 12618/CHQ-GSQL ngày 24/02/2026 của Cục Hải quan. Công văn là hướng dẫn cho một trường hợp cụ thể, không phải văn bản quy phạm pháp luật, nhưng cho thấy quan điểm xử lý của cơ quan hải quan.

Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan số 11/2026/QH16 ngày 23/8/2026 có hiệu lực từ ngày 01/3/2027 (khoản 1 Điều 3 của Luật). Trình tự trong bài là trình tự đang áp dụng ở tháng 10/2026; trước mốc đó nên kiểm tra lại văn bản hướng dẫn mới.

Nguyên tắc: bán vào doanh nghiệp chế xuất là xuất khẩu

Khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP viết: "Quan hệ trao đổi hàng hóa giữa doanh nghiệp chế xuất với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam, không phải là khu phi thuế quan, là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu trừ các trường hợp quy định tại điểm c khoản này và các trường hợp không phải làm thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan như sau:" — rồi liệt kê các điểm a, b, c.

Khoản 1 Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC nói thẳng hơn: hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của DNCX phải thực hiện thủ tục hải quan theo quy định và sử dụng đúng mục đích sản xuất. Công văn 16538/CHQ-NVTHQ ngày 21/5/2026 trả lời một doanh nghiệp may mặc cũng theo hướng đó: hàng hóa DNCX mua từ nội địa phải thực hiện thủ tục hải quan theo Điều 74, Điều 75 bản sửa đổi, trừ các trường hợp không phải làm thủ tục quy định tại khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP. Miễn thủ tục là ngoại lệ — phải tìm được tên mình trong danh sách ngoại lệ mới bỏ được tờ khai.

Ba nhóm được miễn hoặc được chọn không làm thủ tục

Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC gom lại ba nhóm: hàng phục vụ xây dựng, văn phòng và sinh hoạt được lựa chọn làm hay không làm thủ tục (khoản 2); hàng DNCX mua từ nội địa đã nộp đủ thuế như doanh nghiệp thường thì không phải làm (khoản 4); hàng DNCX đã nhập khẩu từ nước ngoài, đã nộp đủ thuế và thực hiện đủ chính sách quản lý hàng nhập khẩu như hàng không hưởng chế độ DNCX, khi trao đổi, mua bán với doanh nghiệp nội địa cũng không phải làm (khoản 3).

Nhóm được lựa chọn: đúng loại hàng và đúng mục đích

Đây là nhóm hay gặp nhất với nhà cung cấp nội địa. Văn bản liệt kê đúng năm loại hàng, đồng thời giới hạn mục đích sử dụng: xây dựng công trình, phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của người lao động làm việc tại DNCX. Hai điều kiện đi cùng nhau — đúng loại hàng nhưng dùng vào sản xuất thì không thuộc nhóm này.

Điểm a khoản 2 Điều 74 quy định rõ hệ quả của việc chọn: chọn làm thủ tục thì DNCX và đối tác thực hiện theo Điều 75; chọn không làm thì cả DNCX và đối tác của DNCX đều không phải làm thủ tục hải quan. Một bên không thể tự quyết. Văn bản không buộc hai bên phải lập thỏa thuận riêng, nhưng trên thực tế nên ghi lựa chọn này vào hợp đồng để sau còn chứng minh được.

Hàng đã nộp đủ thuế — và ngoại lệ cần nhớ

Khoản 4 Điều 74 cho phép không làm thủ tục hải quan khi DNCX mua hàng từ nội địa và đã nộp đầy đủ các loại thuế theo quy định như một doanh nghiệp không hưởng chế độ, chính sách áp dụng đối với DNCX. Hiểu đơn giản: DNCX bỏ ưu đãi khu phi thuế quan cho lô hàng đó và chịu thuế như doanh nghiệp thường.

Ngoại lệ nằm ngay câu sau: nếu DNCX mua từ nội địa hàng hóa có thuế suất thuế xuất khẩu để làm nguyên liệu sản xuất cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu (không phải là vật tư tiêu hao) thì phải làm thủ tục hải quan. Chính văn bản nêu kèm một ví dụ, nguyên văn: "Ví dụ: than đá sử dụng trong quá trình đốt lò phục vụ sản xuất thì không phải làm thủ tục hải quan". Văn bản không giải thích lý do; cách hiểu thông thường là than đá trong ví dụ này là vật tư tiêu hao nên không thuộc diện phải làm thủ tục, nhưng đó là diễn giải, không phải câu chữ của khoản 4. Khi hàng vừa có thuế suất thuế xuất khẩu, vừa cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu, hãy mặc định là phải mở tờ khai.

Chọn không làm thủ tục thì phải làm gì thay thế

Bỏ tờ khai không có nghĩa là bỏ hồ sơ. Điểm b khoản 2 Điều 74 buộc DNCX lập và lưu trữ chứng từ, sổ kế toán chi tiết theo dõi hàng hóa đưa vào, đưa ra theo các quy định của Bộ Tài chính về mua, bán hàng hóa, chế độ kế toán, kiểm toán; trong chứng từ và sổ kế toán chi tiết phải nêu rõ mục đích và nguồn hàng hóa.

Đây là chỗ dễ hụt khi bị kiểm tra sau thông quan: hàng đã vào nhà máy mấy năm, không có tờ khai, mà sổ chi tiết không ghi được hàng mua của ai và dùng cho mục đích nào. Bên bán nội địa nên lưu hợp đồng, thỏa thuận về việc không làm thủ tục hải quan, phiếu giao nhận có xác nhận của DNCX và chứng từ thanh toán.

Khi phải làm thủ tục: trình tự theo khoản 3 Điều 75

Hàng mua, bán, thuê, mượn giữa DNCX với doanh nghiệp nội địa làm theo khoản 3 Điều 75: doanh nghiệp xuất khẩu làm thủ tục xuất khẩu, doanh nghiệp nhập khẩu làm thủ tục nhập khẩu theo loại hình tương ứng; một tờ khai xuất khẩu chỉ được tương ứng với một tờ khai nhập khẩu và ngược lại. Hàng mua bán giữa hai DNCX cũng theo khoản 3 này (khoản 4 Điều 75).

Việc	Nội dung theo khoản 3 Điều 75
Thời hạn	Trong 15 ngày kể từ ngày hàng hóa xuất khẩu thông quan hoặc giải phóng hàng, người nhập khẩu phải làm thủ tục hải quan
Bên xuất khẩu khai	Ô "Điểm đích cho vận chuyển bảo thuế": mã địa điểm của Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu. Ô "Số quản lý của nội bộ doanh nghiệp": "#&XKPTQ" (hoặc ô "Ghi chép khác" nếu dùng tờ khai hải quan giấy)
Bên nhập khẩu khai	Ô "Số quản lý của nội bộ doanh nghiệp": "#&NKPTQ#& Số tờ khai xuất khẩu tương ứng của doanh nghiệp xuất khẩu (11 ký tự đầu)" (hoặc ô "Ghi chép khác" nếu dùng tờ khai hải quan giấy)
Chứng từ thay hóa đơn thương mại	Bên xuất khẩu chưa phát hành được hóa đơn thì nộp Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ; bên nhập khẩu nộp hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng. Riêng trường hợp cho thuê tài chính đối với DNCX, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, người khai hải quan không phải nộp hóa đơn
Thứ tự giao hàng	Bên xuất khẩu chỉ giao hàng sau khi bên nhập khẩu đã đăng ký tờ khai nhập khẩu tương ứng; bên nhập khẩu chỉ đưa hàng vào sản xuất, tiêu thụ sau khi hàng đã thông quan hoặc giải phóng hàng
Quá hạn 15 ngày	Bên nhập khẩu chưa đăng ký tờ khai nhập khẩu đối ứng thì cơ quan hải quan hủy tờ khai xuất khẩu theo Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC (bản sửa đổi tại khoản 10 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC)

Hai chi tiết dễ bị bỏ qua: bên bán không được giao hàng trước khi bên mua đăng ký tờ khai nhập khẩu, và tờ khai xuất khẩu sẽ bị hủy nếu bên mua chậm — kéo theo hồ sơ thuế của bên bán thiếu một chứng từ bắt buộc. Nên ràng thời hạn này vào hợp đồng.

Bảo hộ lao động: ví dụ cho thấy không nên tự suy diễn

Danh sách năm loại hàng nghe rộng, nhưng trên thực tế được đọc hẹp. Công văn 12618/CHQ-GSQL ngày 24/02/2026 của Cục Hải quan trả lời Cục Quản lý, giám sát chính sách thuế, phí và lệ phí về vướng mắc liên quan đến tờ khai hải quan đối với hàng hóa bảo hộ lao động cho DNCX. Cục Hải quan nêu hiện chưa có văn bản pháp luật nào xác định mặt hàng bảo hộ lao động là hàng tiêu dùng nêu tại Nghị định 35/2022/NĐ-CP, do vậy theo quan điểm của Cục Hải quan, hàng hóa là bảo hộ lao động DNCX mua từ nội địa thì phải làm thủ tục hải quan. Cục Hải quan cũng đề nghị đơn vị hỏi lấy thêm ý kiến của Cục Đầu tư nước ngoài, đơn vị trước đây chủ trì xây dựng Nghị định 35/2022/NĐ-CP — dấu hiệu cho thấy phạm vi chữ "hàng tiêu dùng" chưa dứt khoát. Với mặt hàng không nằm rõ trong năm loại được liệt kê, cách an toàn là làm thủ tục hải quan, hoặc hỏi hướng dẫn của hải quan nơi quản lý DNCX trước khi giao hàng.

Ảnh hưởng tới thuế giá trị gia tăng

Thuế suất 0% với hàng hóa xuất khẩu nằm ở khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, bản sửa đổi tại Điều 4 Luật số 90/2025/QH15 — đây cũng là căn cứ Cục Hải quan dẫn trong Công văn 16538/CHQ-NVTHQ. Điều kiện hồ sơ để được áp 0% gồm ba thứ: hợp đồng bán hoặc gia công hàng hóa xuất khẩu (hoặc hợp đồng ủy thác xuất khẩu nếu xuất khẩu ủy thác), chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, và tờ khai hải quan theo quy định (khoản 1 Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, bản hợp nhất tại Văn bản hợp nhất 18/VBHN-BTC ngày 04/6/2026).

Đọc thẳng điều kiện này thì chọn không làm thủ tục hải quan sẽ không có tờ khai, tức thiếu một điều kiện hồ sơ của thuế suất 0%. Nhưng câu chữ của nghị định chưa dứt khoát theo hướng đó, và đây là chỗ cần cẩn thận:

• Câu dẫn của Điều 18 mở ngoặc loại trừ: điều kiện tại Điều này áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu quy định tại Điều 17 "trừ một số trường hợp đặc thù quy định tại Điều 27, Điều 28 Nghị định này".
• Điều 27, về điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, đòi "tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu" nhưng ghi kèm ngoại lệ "trừ trường hợp không cần phải có tờ khai hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan". Khoản 1 Điều 18 thì không ghi ngoại lệ như vậy.

Hai cách đọc đều có chỗ dựa trong văn bản, nên đây là điểm chưa rõ. Với từng lô hàng, hãy xác nhận lại với cơ quan thuế quản lý trực tiếp thay vì tự chọn một cách đọc rồi ghi thuế suất lên hóa đơn.

Ngoài hồ sơ, hàng bán cho DNCX còn phải qua điều kiện tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu — phần này đã viết riêng trong bài bán hàng cho doanh nghiệp chế xuất: khi nào được thuế giá trị gia tăng 0%. Hệ quả thực tế: đừng chốt giá "không thuế" chỉ vì khách là doanh nghiệp chế xuất; thống nhất trước là có làm tờ khai hay không, rồi mới quyết định thuế suất ghi trên hóa đơn.

Câu hỏi thường gặp

Bán thực phẩm cho bếp ăn của doanh nghiệp chế xuất có phải mở tờ khai?

Nếu bán thực phẩm — tức hàng hóa — phục vụ sinh hoạt của người lao động làm việc tại DNCX thì thuộc nhóm được lựa chọn tại điểm b khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP: hai bên có thể thống nhất không làm thủ tục hải quan, khi đó cả hai đều không phải làm, nhưng DNCX vẫn phải theo dõi trên sổ chi tiết theo điểm b khoản 2 Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Nếu hợp đồng là dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp thì khác: đó được pháp luật thuế giá trị gia tăng gọi là một loại dịch vụ, không phải hàng hóa (điểm l khoản 4 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP liệt kê "dịch vụ ăn uống (trừ dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp, dịch vụ ăn uống trong khu phi thuế quan)"). Thủ tục tại Điều 74, Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC chỉ đặt ra cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, và điều kiện hồ sơ thuế suất 0% của dịch vụ xuất khẩu ở khoản 2 Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP — áp dụng "trừ quy định tại khoản 3, 4, 5 Điều này" là vận tải quốc tế, dịch vụ hàng không và hàng hải — chỉ gồm hợp đồng cung cấp dịch vụ và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, không đòi tờ khai hải quan. Vì ranh giới giữa "bán thực phẩm" và "cung cấp suất ăn" phụ thuộc cách lập hợp đồng, hóa đơn, trường hợp này nên xác nhận với cơ quan hải quan và cơ quan thuế quản lý trước khi áp dụng.

Quá 15 ngày bên mua chưa mở tờ khai nhập khẩu thì sao?

Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu hủy tờ khai xuất khẩu theo Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC, bản sửa đổi tại khoản 10 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC. Bên bán mất chứng từ cần cho hồ sơ thuế của lô hàng đó, nên phải theo dõi và nhắc bên mua trong thời hạn.

Doanh nghiệp chế xuất thanh lý máy móc cũ bán vào nội địa thì theo quy định nào?

Đó là hướng ngược lại, theo điểm c khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP: DNCX được bán, thanh lý vào thị trường nội địa tài sản đã qua sử dụng và các hàng hóa theo quy định của pháp luật về đầu tư và quy định khác có liên quan; tại thời điểm bán, thanh lý không áp dụng chính sách quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, trừ hàng thuộc diện quản lý theo điều kiện, tiêu chuẩn, kiểm tra chuyên ngành chưa thực hiện khi nhập khẩu; hàng quản lý bằng giấy phép thì phải được cơ quan cấp phép nhập khẩu đồng ý bằng văn bản.

Trình tự hải quan của việc thanh lý nằm ở Điều 79 Thông tư 38/2015/TT-BTC, bản sửa đổi tại khoản 50 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC. Khi bán, biếu, tặng tại thị trường Việt Nam, DNCX chọn một trong hai hình thức: đăng ký tờ khai hải quan mới để chuyển đổi mục đích sử dụng theo Điều 21 Thông tư này (sau khi chuyển đổi thì việc bán tại Việt Nam không phải làm thủ tục hải quan), hoặc làm thủ tục xuất khẩu để doanh nghiệp nội địa làm thủ tục nhập khẩu và nộp đủ các loại thuế.

Với nhà cung cấp và doanh nghiệp chế xuất ở Phú Mỹ, Cái Mép – Thị Vải, hàng thường giao thành nhiều lô lặp lại theo hợp đồng khung, nên một thỏa thuận sai ngay từ hợp đồng đầu tiên sẽ lặp lại ở mọi lô sau đó. Nếu cần soát lại cách đang làm hoặc dựng hồ sơ lưu cho nhóm hàng không làm tờ khai, xem dịch vụ kế toán của MP Consulting tại Phú Mỹ – Bà Rịa – Vũng Tàu.