Đăng ký hóa đơn điện tử cho công ty mới thành lập 2026

Công ty vừa có giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, hợp đồng đầu tiên đã ký và khách hàng đòi hóa đơn. Đây là lúc dễ vướng nhất: pháp luật buộc phải đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trước khi dùng, và trình tự đăng ký chỉ kết thúc khi cơ quan thuế ra Thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận. Từ ngày 01/7/2026, việc đăng ký làm theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC, trong đó có một bước xác nhận qua email và số điện thoại của người đại diện theo pháp luật mà doanh nghiệp mới rất hay bỏ sót.

Tóm tắt nhanh

• Trước khi sử dụng hóa đơn điện tử, doanh nghiệp phải đăng ký theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính (khoản 3 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP).
• Doanh nghiệp dùng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế nếu không thuộc điểm b (không có mã) hoặc điểm c (từ máy tính tiền) khoản 1 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Nghị định không phân loại theo tiêu chí "mới thành lập".
• Tổ chức kinh tế đăng ký thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử, khai theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT Phụ lục III (khoản 1 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC).
• Hệ thống đối chiếu thông tin người đại diện trong 01 ngày làm việc rồi gửi yêu cầu xác nhận; người nộp thuế phải trả lời ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo, quá hạn là bị từ chối (điểm a khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC).
• Kết quả cuối cùng là Thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT Phụ lục IV (khoản 3 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC).

Đăng ký trước, lập hóa đơn sau

Khoản 3 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định rõ: trước khi sử dụng hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí phải thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Nghĩa vụ lập hóa đơn tại khoản 1 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP có loại trừ các trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử theo Điều 7 Nghị định này, nên trước khi làm thủ tục hãy đọc Điều 7 để biết mình có thuộc diện loại trừ nào không. Công ty đã có hợp đồng và khách hàng yêu cầu hóa đơn thì vẫn phải đăng ký.

Nghị định 254/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/7/2026; từ ngày đó, Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Điều 1 Nghị định 41/2022/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP hết hiệu lực (Điều 43). Thông tư 91/2026/TT-BTC cũng có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và làm Thông tư 32/2025/TT-BTC hết hiệu lực (Điều 25).

Công ty mới thành lập dùng loại hóa đơn nào

Điểm a, b và c khoản 1 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP đặt ra ba loại hóa đơn điện tử ứng với ba nhóm người sử dụng. Chọn sai nhóm là sai ngay từ tờ khai đăng ký.

Loại hóa đơn	Ai dùng	Căn cứ
Hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế	Tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và các trường hợp rủi ro cao về thuế theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính, trừ trường hợp quy định tại điểm b, điểm c khoản này	Điểm a khoản 1 Điều 6
Hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế	Doanh nghiệp ở các lĩnh vực được liệt kê (điện lực, xăng dầu, bưu chính, viễn thông, nước sạch, tài chính ngân hàng, chứng khoán, tài sản mã hóa, dịch vụ hỗ trợ giao dịch trên sàn giao dịch các-bon, bảo hiểm, y tế, thương mại điện tử, siêu thị, thương mại, vận tải hàng không, đường bộ, đường sắt, đường biển, đường thủy) và tổ chức kinh tế đã hoặc sẽ giao dịch với cơ quan thuế bằng phương tiện điện tử, có hạ tầng công nghệ thông tin, phần mềm kế toán, phần mềm lập hóa đơn đáp ứng điều kiện. Có hai ngoại lệ: trường hợp rủi ro cao về thuế theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính, và trường hợp đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế	Điểm b khoản 1 Điều 6
Hóa đơn điện tử từ máy tính tiền	Tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng: trung tâm thương mại; siêu thị; bán lẻ (trừ ô tô, mô tô, xe máy và xe có động cơ khác); ăn uống; nhà hàng; khách sạn; dịch vụ vận tải hành khách; dịch vụ hỗ trợ trực tiếp cho vận tải đường bộ; dịch vụ nghệ thuật, vui chơi, giải trí; hoạt động chiếu phim; dịch vụ phục vụ cá nhân khác theo quy định về Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam. Chữ "trừ" chỉ áp dụng cho bán lẻ	Điểm c khoản 1 Điều 6

Đơn vị bán trực tiếp đến người tiêu dùng nhưng đã đăng ký hóa đơn điện tử theo điểm a hoặc điểm b khoản 1 Điều 6 thì không bắt buộc đăng ký thêm hóa đơn điện tử từ máy tính tiền. Khoản 1 Điều 6 còn có điểm d dành riêng cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh: có doanh thu năm trên 01 tỷ đồng, hoặc bán tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng, thì phải áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

Tên loại hóa đơn lại phụ thuộc phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo Điều 8 Nghị định 254/2026/NĐ-CP: phương pháp khấu trừ dùng hóa đơn giá trị gia tăng, phương pháp trực tiếp dùng hóa đơn bán hàng. Đây là hai trường hợp ở khoản 1 và khoản 2 Điều 8. Điều 8 gồm 6 khoản và còn quy định các loại hóa đơn khác — trong đó có hóa đơn thương mại điện tử, hóa đơn bán tài sản công, hóa đơn bán hàng dự trữ quốc gia — nên đây không phải danh mục đóng.

Đăng ký ở đâu, bằng mẫu nào

Theo khoản 1 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thuộc trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC thì đăng ký và thay đổi nội dung đăng ký thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử. Với doanh nghiệp mới, điều này nghĩa là hợp đồng với nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn là việc phải làm trước. Cùng khoản này nêu thêm ba trường hợp có kênh đăng ký riêng. Thứ nhất, kênh qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ được Cục Thuế ủy thác, trong trường hợp dùng hóa đơn điện tử có mã được miễn phí dịch vụ, là dành cho cơ quan thuế hoặc cơ quan được giao nhiệm vụ tổ chức, xử lý tài sản công. Thứ hai, doanh nghiệp là tổ chức kết nối chuyển dữ liệu hóa đơn theo hình thức gửi trực tiếp đến cơ quan thuế thì đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc Cổng Dịch vụ công Quốc gia — vẫn là doanh nghiệp, nhưng là nhóm hẹp phải đáp ứng điều kiện kết nối trực tiếp. Thứ ba, tổ chức nước ngoài kinh doanh, cung cấp dịch vụ qua nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác mà đăng ký tự nguyện thì đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế. Còn doanh nghiệp nhỏ và vừa, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại địa bàn khó khăn thì có kênh riêng theo khoản 4 Điều 11 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, nói ở đoạn dưới.

Diện miễn phí dịch vụ hẹp hơn nhiều người nghĩ. Khoản 1 Điều 11 Nghị định 254/2026/NĐ-CP nêu: doanh nghiệp nhỏ và vừa, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội khó khăn hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn — xác định theo Danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư của pháp luật về đầu tư — được miễn phí dịch vụ trong 12 tháng kể từ khi sử dụng hóa đơn điện tử. Nhóm này được đăng ký và thay đổi thông tin đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế theo khoản 4 Điều 11. Các trường hợp còn lại trả tiền dịch vụ theo hợp đồng ký giữa các bên (khoản 3 Điều 11).

Nội dung đăng ký khai theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT Phụ lục III Thông tư 91/2026/TT-BTC. Sau khi gửi, Hệ thống thông tin quản lý thuế gửi thông báo điện tử theo Mẫu số 01/TB-TNĐT Phụ lục IV về việc tiếp nhận hoặc không tiếp nhận. Lưu ý: tiếp nhận chưa phải là chấp nhận.

Các bước và thời hạn sau khi gửi tờ khai

Bước	Ai làm	Thời hạn
Đối chiếu tự động thông tin người đại diện theo pháp luật, chủ doanh nghiệp tư nhân (gồm thông tin sinh trắc học) với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc Hệ thống định danh, xác thực điện tử	Hệ thống thông tin quản lý thuế	Trong 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đăng ký
Thông tin không khớp đúng: gửi Thông báo không chấp nhận kèm các trường thông tin không khớp để điều chỉnh	Hệ thống thông tin quản lý thuế	Ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo
Thông tin khớp đúng: gửi yêu cầu xác nhận qua email, số điện thoại của người đại diện theo thông tin trong hồ sơ đăng ký thuế, đăng ký doanh nghiệp	Hệ thống thông tin quản lý thuế	Tự động
Trả lời xác nhận. Quá hạn chưa xác nhận hoặc xác nhận không thành công thì hệ thống gửi Thông báo không chấp nhận theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT	Người nộp thuế	Ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo
Xác nhận đúng hạn và không thuộc diện phải giải trình: ban hành Thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử	Cơ quan thuế	Chậm nhất ngày làm việc tiếp theo

Các mốc trên nằm ở điểm a và điểm b khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC. Bước dễ mất hồ sơ nhất là bước thứ tư, vì thời hạn tính theo ngày làm việc: email và số điện thoại của người đại diện theo pháp luật trong hồ sơ phải là số đang dùng và có người theo.

Khi nào bị yêu cầu giải trình

Có nhóm trường hợp mà dù thông tin khớp đúng và đã xác nhận đúng hạn, cơ quan thuế vẫn ban hành Thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo Mẫu số 01/TB-BSTT-NNT Phụ lục IV, hoặc xác minh hoạt động thực tế tại địa chỉ đã đăng ký, trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đăng ký. Người nộp thuế phải giải trình, bổ sung trong 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo (điểm c khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC). Đó là các trường hợp có hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ; người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế; người nộp thuế tạm ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế; các trường hợp liên quan đến mã số thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký; và trường hợp có rủi ro cao trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Trong 5 dấu hiệu ở Điều 7, dấu hiệu doanh nghiệp mới hay gặp mà không lường trước là đăng ký địa chỉ trụ sở chính không có địa chỉ cụ thể theo địa giới hành chính, hoặc tại căn hộ chung cư — trừ căn hộ hoặc phần diện tích nhà chung cư được phép dùng cho mục đích kinh doanh theo quy định của pháp luật, và trừ trường hợp cá nhân kinh doanh (khoản 3 Điều 7).

Giải trình được chấp nhận, hoặc xác minh cho thấy doanh nghiệp có hoạt động tại địa chỉ đăng ký, thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp ban hành Thông báo chấp nhận. Ngược lại, chậm nhất ngày làm việc tiếp theo cơ quan thuế ban hành Thông báo không chấp nhận và ghi rõ lý do (điểm d khoản 2 Điều 6).

Được chấp nhận rồi thì lập hóa đơn thế nào

Kết quả chấp nhận hay không chấp nhận được gửi bằng thông báo điện tử theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT Phụ lục IV, qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử hoặc gửi trực tiếp (khoản 3 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC). Với hóa đơn điện tử có mã, Điều 12 Nghị định 254/2026/NĐ-CP mô tả trình tự: lập hóa đơn, ký số, gửi hóa đơn để cơ quan thuế cấp mã — trên Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc qua phần mềm của tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử. Hệ thống cấp mã của Cục Thuế tự động cấp mã và trả kết quả, sau đó người bán gửi hóa đơn đã được cấp mã cho người mua theo phương thức hai bên thỏa thuận. Với hóa đơn không có mã, doanh nghiệp dùng phần mềm lập hóa đơn, ký số và gửi cho người mua bằng phương thức điện tử theo thỏa thuận (Điều 13).

Câu hỏi thường gặp

Đổi người đại diện theo pháp luật hoặc đổi địa chỉ thì làm gì?

Khai thay đổi theo cùng Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử; trình tự theo đúng điểm a khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC (khoản 4 Điều 6), tức là lại có bước đối chiếu và bước xác nhận theo thời hạn ngày làm việc như lần đầu.

Bị cơ quan thuế yêu cầu chuyển sang hóa đơn có mã thì có bao lâu?

Tình huống này chỉ đặt ra với người nộp thuế đang dùng hóa đơn điện tử không có mã theo điểm b khoản 1 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP; công ty đã đăng ký loại có mã thì không gặp. Với nhóm không có mã, khoản 2 Điều 11 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định: khi bị xác định rủi ro cao về thuế theo Thông tư 94/2026/TT-BTC và được cơ quan thuế thông báo theo Mẫu số 01/TB-KTT, người nộp thuế phải thay đổi thông tin sang loại có mã trong 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo. Sau 12 tháng kể từ thời điểm chuyển sang loại có mã, muốn quay lại loại không có mã thì làm thủ tục thay đổi thông tin để cơ quan thuế xem xét chấp nhận hoặc không chấp nhận.

Lập hóa đơn khi chưa được chấp nhận đăng ký thì sao?

Quy trình ở hai văn bản trên cho thấy đăng ký và Thông báo chấp nhận là điều kiện để bắt đầu sử dụng hóa đơn điện tử, nên không nên lập hóa đơn trước thời điểm đó. Mức xử phạt cụ thể thuộc văn bản về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, hóa đơn, không nằm trong hai văn bản này, nên bài viết không nêu con số; nếu đã lập hóa đơn trước khi được chấp nhận, hãy hỏi cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc đơn vị tư vấn.

Đăng ký hóa đơn điện tử là việc làm một lần nhưng sai thì tắc cả dòng doanh thu đầu tiên. Ba việc nên làm đúng: ký hợp đồng với nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn trước, khai đúng loại hóa đơn theo phương pháp tính thuế GTGT, và giữ email cùng số điện thoại của người đại diện theo pháp luật sẵn sàng để xác nhận trong ngày làm việc. Cần người làm trọn gói phần này cùng các thủ tục thuế ban đầu, xem dịch vụ thành lập doanh nghiệp của MP Consulting.