Thủ tục thuế ban đầu của công ty mới thành lập từ 01/7/2026

Vừa nhận giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, câu hỏi đầu tiên của hầu hết chủ doanh nghiệp là phải lên cơ quan thuế làm những gì. Từ ngày 01/7/2026, khi Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC cùng có hiệu lực, phần thủ tục đăng ký đã gọn hơn trước. Nhưng việc chọn kỳ khai thuế đầu tiên vẫn là chỗ dễ chọn sai và phải trả tiền chậm nộp. Bài này đi qua đúng ba việc: mã số thuế, kỳ khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu tiên và kỳ khai thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đầu tiên.

Tóm tắt nhanh

• Công ty thành lập qua cơ quan đăng ký kinh doanh không phải làm thủ tục đăng ký thuế riêng với cơ quan thuế (khoản 2 Điều 10 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15; khoản 1 và khoản 2 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP).
• Thuế GTGT mặc định khai theo tháng; doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động được chọn khai theo quý (điểm a và điểm b.1.2 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
• Kỳ khai thuế đã chọn phải giữ ổn định trọn năm dương lịch (điểm b.2.1 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
• Thuế TNCN của phần lương trả cho người lao động: tổ chức trả thu nhập khai theo quý và quyết toán theo năm (điểm a.1 và a.2.1 khoản 1 Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
• Hạn nộp: khai tháng — ngày 20 tháng sau; khai quý — ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau (khoản 2 và khoản 3 Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP).

Mã số thuế: công ty mới gần như không phải làm gì

Khoản 2 Điều 10 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 quy định doanh nghiệp, hợp tác xã, đơn vị phụ thuộc, hộ kinh doanh thực hiện đăng ký thuế cùng với việc đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hộ kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông. Khoản 1 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP nói rõ hơn: khi thông tin đăng ký thuế được cơ quan thuế tiếp nhận từ cơ quan đăng ký kinh doanh qua kết nối, chia sẻ dữ liệu theo cơ chế một cửa liên thông thì người nộp thuế không phải thực hiện thủ tục đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế.

Với công ty thành lập theo cách thông thường, thời hạn đăng ký thuế chính là thời hạn đăng ký doanh nghiệp (khoản 2 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Nói cách khác, mã số thuế đi liền với mã số doanh nghiệp, không có một thủ tục "đăng ký thuế ban đầu" tách rời.

Mốc 10 ngày làm việc mà nhiều người vẫn nhắc chỉ áp dụng cho các trường hợp đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo khoản 3 Điều 10 Luật Quản lý thuế, được cụ thể hóa tại khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Đó là các trường hợp như tổ chức được cấp giấy phép thành lập và hoạt động hoặc quyết định thành lập, chi nhánh và văn phòng giao dịch của tổ chức tín dụng tính từ ngày khai trương, tổ chức và cá nhân kinh doanh không thuộc diện đăng ký kinh doanh tính từ ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh, nhà thầu và nhà thầu phụ nước ngoài kê khai nộp thuế trực tiếp tính từ ngày ký hợp đồng nhận thầu. Nếu công ty của bạn đăng ký qua cơ quan đăng ký kinh doanh, đừng áp mốc này cho mình.

Kỳ khai thuế GTGT đầu tiên: tháng hay quý

Điểm a khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC đặt nguyên tắc: khai thuế GTGT là loại khai theo tháng, trừ các trường hợp khai theo quý hoặc theo từng lần phát sinh.

Trường hợp của công ty mới nằm ở điểm b.1.2 cùng khoản: "Trường hợp người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý." Đây là quyền chọn, không phải mặc định. Điểm b.1.3 nói rõ: "Người nộp thuế có trách nhiệm tự xác định thuộc đối tượng khai thuế theo tháng hay khai thuế theo quý để thực hiện khai thuế theo quy định."

Với doanh nghiệp đã hoạt động, tiêu chí là tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống thì được chọn khai quý (điểm b.1.1). Doanh thu này được xác định là tổng doanh thu trên các tờ khai thuế GTGT của các kỳ tính thuế trong năm dương lịch.

Điểm b.1.2 cũng định ra lộ trình cho công ty mới:

• Nếu doanh thu của năm mới bắt đầu kinh doanh từ 50 tỷ đồng trở xuống: sau khi sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng, kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm đã đủ 12 tháng, doanh nghiệp căn cứ doanh thu của năm dương lịch trước liền kề (đủ 12 tháng) để xác định lại kỳ tính thuế theo tháng hoặc theo quý.
• Nếu doanh thu của năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động trên 50 tỷ đồng — kể cả khi hoạt động chưa đủ 12 tháng — thì doanh nghiệp phải khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động.

Điểm b.2.1 chốt lại: kỳ khai đã chọn phải ổn định trọn năm dương lịch. Không có chuyện khai quý I rồi chuyển sang khai tháng từ tháng 5 cho tiện.

Chọn sai thì xử lý thế nào

Điểm b.2.3 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC xử lý trường hợp doanh nghiệp tự phát hiện, hoặc cơ quan thuế phát hiện, là mình không đủ điều kiện khai quý. Khi đó doanh nghiệp phải:

1. Khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo;
2. Nộp lại hồ sơ khai thuế GTGT theo tháng của các quý trước đó;
3. Xác định và nộp tiền chậm nộp theo quy định.

Điểm b.2.3 loại trừ hai tình huống khỏi việc nộp lại hồ sơ và tính tiền chậm nộp nêu trên: hồ sơ khai thuế theo quý mà cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế, hoặc trường hợp do cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Nếu rơi vào một trong hai tình huống này, đừng tự động nộp lại các tờ khai tháng mà hãy làm việc với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Điểm sáng duy nhất: doanh nghiệp không bị xử phạt vi phạm hành chính về chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với các kỳ phải nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế, và các hồ sơ khai tháng nộp lại được coi là hồ sơ thay thế cho hồ sơ khai quý đã nộp. Tiền chậm nộp thuế thì vẫn phải trả. Đây là lý do nên tính trước doanh thu dự kiến trước khi chọn kỳ khai quý.

Ngược lại, nếu đang khai theo tháng và muốn chuyển sang khai quý, doanh nghiệp gửi Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý theo mẫu số 01/ĐK-TĐKTT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp, chậm nhất là ngày 31/01 của năm bắt đầu khai thuế theo quý (điểm b.2.2). Cơ quan thuế sẽ thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận.

Kỳ khai thuế TNCN đầu tiên: theo quý

Đây là thay đổi mà nhiều kế toán mới vào nghề dễ hiểu theo quy định cũ. Điểm a.1 khoản 1 Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định: tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai số thuế TNCN đã khấu trừ của cá nhân nhận thu nhập theo quý. Điều khoản này không đặt ra lựa chọn khai theo tháng cho phần thu nhập từ tiền lương, tiền công.

Bên cạnh khai quý, tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm quyết toán thuế và quyết toán thay cho các cá nhân đã ủy quyền, không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không (điểm a.2.1 cùng khoản). Cá nhân thuộc trường hợp được ủy quyền quyết toán thuế theo quy định pháp luật thuế TNCN gửi văn bản ủy quyền theo mẫu 08/UQ-QTT-TNCN cho tổ chức trả thu nhập trước khi tổ chức này thực hiện quyết toán (điểm b khoản 1 Điều 22). Không phải cá nhân nào cũng được ủy quyền; điều kiện do pháp luật thuế TNCN quy định.

Có một khoảng nghỉ hợp pháp: theo khoản 6 Điều 11 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, tổ chức trả thu nhập thuộc trường hợp khai thuế TNCN theo tháng, quý mà trong tháng, quý đó không phát sinh việc khấu trừ thuế TNCN thì không phải nộp hồ sơ khai thuế TNCN của kỳ đó. Riêng quý cuối cùng trong năm, hoặc quý phát sinh chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động mà không phát sinh khấu trừ và thuộc trường hợp không phải quyết toán TNCN, thì vẫn phải nộp hồ sơ khai thuế của quý đó.

Bảng hạn nộp hồ sơ khai thuế

Các mốc dưới đây theo Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP:

Loại hồ sơ	Hạn nộp chậm nhất	Căn cứ
Khai theo tháng	Ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế	Khoản 2 Điều 10
Khai theo quý	Ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế	Khoản 3 Điều 10
Khai theo năm	Ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của năm dương lịch hoặc năm tài chính tiếp theo	Khoản 4 Điều 10
Khai theo từng lần phát sinh	Ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế, trừ trường hợp phải khai và nộp thuế trước khi được cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã cho từng lần phát sinh	Khoản 1 Điều 10
Khai quyết toán thuế	Ngày cuối cùng của tháng thứ 03 kể từ ngày kết thúc kỳ quyết toán thuế	Điểm a khoản 5 Điều 10
Quyết toán khi chấm dứt hoạt động, giải thể, phá sản, chấm dứt hợp đồng, cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất	Ngày thứ 45 kể từ ngày người nộp thuế có quyết định tương ứng	Điểm b khoản 5 Điều 10

Một chi tiết nhỏ nhưng cứu được nhiều người: theo khoản 7 Điều 3 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, nếu ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế hoặc thời hạn nộp thuế trùng với ngày nghỉ theo quy định thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày làm việc liền kề sau ngày nghỉ đó.

Ví dụ: công ty thành lập tháng 10/2026

Giả sử Công ty A ở Phú Mỹ được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp ngày 12/10/2026, dự kiến doanh thu năm 2026 khoảng 2 tỷ đồng, có 5 lao động và bắt đầu trả lương từ tháng 11/2026.

• Mã số thuế cấp cùng mã số doanh nghiệp, không phải làm hồ sơ đăng ký thuế riêng.
• Công ty tự xác định là "mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh" và chọn khai thuế GTGT theo quý. Kỳ khai đầu tiên là quý 4/2026.
• Hạn nộp hồ sơ khai thuế GTGT quý 4/2026 là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo, tức ngày 31/01/2027. Ngày này là Chủ nhật, nên theo khoản 7 Điều 3 Nghị định 252/2026/NĐ-CP hạn chuyển sang thứ Hai 01/02/2027.
• Hồ sơ khai thuế TNCN của quý 4/2026 cũng là hồ sơ khai quý, hạn nộp tính theo cùng khoản 3 Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Nếu trong quý 4/2026 không phát sinh khấu trừ thuế TNCN thì lưu ý khoản 6 Điều 11: quý cuối cùng trong năm vẫn phải nộp hồ sơ trong các trường hợp nêu tại khoản này.
• Năm 2026 công ty hoạt động chưa đủ 12 tháng. Theo điểm b.1.2 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, vì doanh thu năm 2026 dưới 50 tỷ đồng, việc xác định lại kỳ tính thuế chỉ diễn ra sau khi công ty sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng, căn cứ doanh thu của năm dương lịch trước liền kề đã đủ 12 tháng.

Nếu ngược lại, doanh thu năm 2026 của công ty vượt 50 tỷ đồng dù chỉ hoạt động gần 3 tháng, thì từ năm 2027 công ty phải khai thuế GTGT theo tháng.

Câu hỏi thường gặp

Công ty chưa phát sinh doanh thu có phải nộp tờ khai thuế GTGT không?

Điều 11 Nghị định 252/2026/NĐ-CP liệt kê các trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế: chỉ có hoạt động thuộc đối tượng không chịu thuế, doanh nghiệp chế xuất chỉ có hoạt động chế xuất, người nộp thuế trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, người nộp thuế đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế, và một số trường hợp khác. "Chưa phát sinh doanh thu" không nằm trong danh sách này. Vì vậy doanh nghiệp đang hoạt động bình thường vẫn nộp tờ khai GTGT của kỳ, dù số phát sinh bằng 0.

Đã chọn khai quý, giữa năm muốn đổi sang khai tháng có được không?

Điểm b.2.1 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC yêu cầu kỳ khai ổn định trọn năm dương lịch, nên không đổi giữa năm vì lý do thuận tiện. Việc chuyển sang khai tháng giữa năm chỉ xảy ra khi phát hiện không đủ điều kiện khai quý, và khi đó áp dụng điểm b.2.3 như trình bày ở trên.

Hạn nộp trùng thứ Bảy hoặc Chủ nhật thì tính thế nào?

Theo khoản 7 Điều 3 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, ngày cuối cùng của thời hạn được chuyển sang ngày làm việc liền kề sau ngày nghỉ. Tuy vậy, nên nộp trước hạn vì hệ thống thường quá tải vào ngày cuối.

Bài này đã bao gồm mọi nghĩa vụ ban đầu của công ty mới chưa?

Chưa. Bài chỉ xử lý ba việc: mã số thuế, kỳ khai thuế GTGT và kỳ khai thuế TNCN, theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC. Các nghĩa vụ khác của doanh nghiệp mới — trong đó có việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, chế độ kế toán, đăng ký lao động và bảo hiểm xã hội, các ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp — do những văn bản khác điều chỉnh và cần tra cứu riêng. Khi chưa chắc chắn về trường hợp cụ thể của mình, hãy hỏi chuyên gia trước khi nộp hồ sơ, vì chi phí sửa sai luôn cao hơn.

Cần làm gì tiếp

Việc quan trọng nhất trong tuần đầu là quyết định kỳ khai thuế GTGT theo tháng hay theo quý, dựa trên doanh thu dự kiến, rồi ghi lại quyết định đó để cả năm khai thống nhất. Nếu bạn muốn có người rà lại các mốc này cho trường hợp cụ thể của công ty mình, xem dịch vụ thành lập doanh nghiệp của MP Consulting hoặc liên hệ để trao đổi trước khi đến hạn khai thuế đầu tiên.